קניון נחל שגור נמצא באזור בקעת בית הכרם בקעה זו מפרידה בין הגליל התחתון לגליל העליון. בליבה של שמורת הטבע נחל גמל. חלק זה של השמורה הינו קניון יפהפה אשר בימות הגשם ובחורפים גולשים המים ומתנקזים לתוכו. המים וצונחים מגובה רב בין סלעים וצוקים מרשימים היישר מטה אל ערוצו של נחל שגור. זהו למעשה החלק התחתון של נחל שגור. אשר לו תפקיד חשוב : ניקוז מי הגשמים בכל אזור בקעת בית הכרם. המים עוברים בתוך קניון צר וגבוה מאוד, חלק מזרימת הנחל אינה נראית בגלל מבנהו התלול של הקניון והאופי שלו. כמו כן יש הרבה חורש ים תיכוני המסווה את זרימתו ולכן ניתן לראותו מזויות מסוימות בלבד במהלך המסלול. אם מתקרבים לקצה המעוק של הקניון ניתן לשמוע את זרימתו היטב.
בשנים האחרונות מוזרמים לנחל מי שופכין המזהמים אותו ופוגעים בסביבתו. הדבר בולט בעיקר בחודשים בהם אין גשמים שירוו ויזקקו את מי הנחל. הנחל מתחבר בהמשך דרכו, לאחר שעוזב את חלקו הקניוני והמרשים, לנחל חילזון. הנמצא בעמק זבולון.
קניון נחל שגור יפה מאוד ומרשים ומתנשא לגובה של 15 מטרים. מנקודה זו המפל הגדול והראשי, המכונה מפל גילון, צונח מטה ומתנפץ על הסלעים שבו. בתוך שטחי הנחל נוצרות בריכות מים. סביב שמורת טבע זו מקננים במרומי המצוקים של הנחל בז מצוי והעקב העיטי שהם עופות דורסים. במהלך ביקור במקום ראינו בז ניצב על אחד מצמרות העצים שבתוך הקניון.
כמו כן על שפת המצוק בו עובר המסלול ניתן לראות שפני סלע מקפצים ומנתרים בקלילות ובחופשיות על גבי הסלעים. הצמחייה בתוך שטחי השמורה מרשימה ביופיה. ומורכבת מחורש ים תיכוני : לבנה רפואי, אלון מצוי,אדר סורי ועוד צמחים מטפסים.
