מערת אצבע נמצאת בתוך חורשת אורנים עצומה הכלואה בתוך רכס הרים מרשים. שמצידו האחד נוף הררי ירוק ואינסופי ומצידו השני קו הים התכול. המערה קרויה כך על שום העובדה שצורתה היא כאצבע הבולטת מתוך ההר. המערה לוטה בערפל מוחלט ויש להצטייד בפנס על מנת להיכנס אליה.
המערה נמצאת על צלעותיו המערביות של רכס הכרמל. מן המערה ניתן לראות את חוף הכרמל הצבוע בכחול בהיר יורד מתוך קו ההר ומתמזג עם יחידת הנוף של מישור החוף.
בתוך מערת אצבע ישנם מספר חללים המונחים זה על זה ומופרדים בינהם באמצעות סלע גיר. זוהי למעשה מערה מן התקופה הפרהיסטורית, כמו שאר חברותיה באזור : מערת אורנית ומערת האדם הקדמון בשמורת נחל המערות.