מתחת למסגד ,שנבנה על שרידיה של המצודה הצלבנית- נמצא קברו של שמואל הנביא אשר בתקופת “השופטים” היה נביא כריזמטי בישראל של ימי קדם. הוא זה שהמליך את שאול למלך ואימו שהייתה חשוכת ילדים נשבעה לאלהים ,במשכן בשילה הקדומה אשר בשומרון, שאם יוולד לה ילד תתחייב לעבודת השם. בנה שמואל גם המליך את דוד המלך שהוא כידוע מלך יהודה וממשיכו של שאול המלך. בכ”ח באייר, תאריך מותו המשוער של הנביא שמואל, מדי שנה, המקום מהווה מוקד עלייה למתפללים רבים שפוקדים את בית הכנסת הקטן שנמצא לצד קברו של הנביא בקומה התחתונה של המבנה.